Xournal++ sert à annoter un document pdf pour y ajouter des marques, des commentaires, surligner certains passages ou encore faire quelques corrections. Particulièrement utile lorsque l'on fait des relectures et qu'on veut transmettre des des remarques sur le document. Le document retouché est exportable dans le format de Xournal pour des retouches ultérieures ou en pdf pour « embarquer » les annotations. En pédagogie et en formation, on peut l'utiliser pour apprécier des restitutions qui ont été scannées en pdf. Aussi, il peut être utilisé comme outil de prise de notes manuscrites. À la fin, le fichier peut être exporté en pdf, en tant qu'image vectoriel ou matriciel ou au format xopp qui permet d'être modifiable sur le long terme.