PDFtk (PDF toolkit) fourmille de commandes pour modifier de fond en comble les fichiers PDF.
Fonctionnant en ligne de commande il évite d'avoir à lancer une interface graphique usine à gaz pour l'utiliser.
Une simple consultation de l'aide intégrée permet de démarrer sur les chapeaux de roues.
Vous pourrez triturer vos PDF dans tous les sens en les tournant, les découpant, les assemblant, leur collant un filigrane…

NB: Pour une interface utilisateur, voyez PDFChain.